Väikelaevajuhi kursus (sõidupiirkond - meri ja siseveed) on 60 akadeemilise tunni pikkune koolitusprogramm, mille käigus omandatakse kõik väikelaevade juhtimiseks nõutavad ja vajalikud teadmised. Tulevane väikelaevajuht saab ettevalmistuse järgnevatel teemadel: väikelaevade tüübid ja ehitus, navigatsioon ja navigatsiooniseadmed, ohutuse tagamine väikelaevadel, liiklemine merel ja sisevetel, seadusandlus, hüdrometeoroloogia, meremehe sõlmed ning väikelaeva praktiline juhtimine. Praktika toimub nii purjelaeval kui mootorlaeval.
Õppeprotsess koosneb loengutest, kaarditööülesannetest ja iseseisvast ettevalmistusest. Kursus lõpeb väikelaevajuhi eksamiga, mille eduka sooritamise tulemusena väljastab Transpordiameti teenindusbüroo väikelaevajuhi tunnistuse.